对于获得一般生物体及其组织的基因工程学方法，如采用基因重组或遗传变异技术生产转基因动物、植物或微生物及其部分生物组织的方法，在道德伦理层面并无太大障碍，各国大都将其纳入可专利主题范围。如我国《专利法》第25条第2款规定，对动植物品种的生产方法可授予专利权。这些方法能否获得专利保护的主要困难在于是否满足实用性的要求，即它们必须是可重复再现的非生物学方法，像常规的疾病诊疗方法一样，传统的生物学繁殖、饲养、培育方法将因受个体特质影响缺乏重复性，而不具备授予专利所要求的实用性。

对于与人类生命现象密切相关的获得人体或其部分组织的基因工程方法，这主要包括克隆人的方法、改变人的遗传同一性的方法、为商业或工业目的使用人的胚胎的方法等，传统社会伦理道德作出了激烈反应，坚决反对对其授予专利权，而且对这些方法的实施行为本身也加以禁止。目前各国及相关国际组织均顺应了这一呼声，明确排除了上述方法获得专利权的可能性。如欧洲联盟《生物技术发明的法律保护指令》第6条。[5]通过适用《专利法》第5条“公序良俗条款”，我国对此问题的态度亦不例外。但对于上述方法实施行为本身是否也应一概禁止，各国态度并不一致。如包括法国、德国在内的多数欧盟国家禁止一切形式的人类胚胎克隆行为，欧洲议会也通过了相同内容的议案，而英国却允许进行治疗性的胚胎克隆行为;[6]实践中，美、意科学家甚至已公开宣布将进行克隆人类的试验。对于这些实施行为本身如何加以伦理调控不是本文主旨，笔者无意多加评论;况且各国专利法对此如何取舍，目前并无不同声音，但是，这些行为的进展以及社会伦理观念对其相应的变化足以对专利法的态度产生潜在影响，这是值得关注的。至于我国在这个问题上的立场，则类似英国，相对宽松，对克隆人的方法、改变人类遗传特性的方法、人类胚胎的工商业应用明确禁止，但有条件的允许开展以医疗研究为目的的人类胚胎干细胞、人体组织器官等的克隆复制。

实际上，理论与实践中对在专利法中应否设置严格的道德伦理标准是有争论的。反对者的意见提醒我们，鉴于专利法浓厚的技术色彩，对其的公序良俗评价应限制在一定的范围内，避免人为地设置技术发展的障碍。但这不足以彻底否定专利法中相应制度存在的合理性。任何一项技术都不只是在科学研究的领域内发挥影响。国家授予一项技术以专利权的行为，即是意味着法律对其的赞许，国家公权力对其的保护。此种赞许与保护如不包含社会伦理道德方面的判断标准，则有悖于我们的立法目的，破坏法律的基础。从此角度，我国《专利法》第5条作为专利法中唯一涉及对技术专利保护进行伦理调控的条款，其设置是必要和应该的;其采用的弹性表述也是适宜、合理的。