外资控股并购最大的负面效应就在于它可能导致的垄断，跨国公司利用资本运营控股并购我国企业后，凭借其雄厚实力逐步占领较大的市场份额。对我国产业尤其是战略性产业的控制，将可能垄断或图谋垄断国内一些产业。

外资企业的工业总产值占行业产值的比重从1990年的2.28%上升到现在的35%以上。在轻工、化工、医药、机械、电子等行业，外资企业所生产的产品已占据国内1/3以上的市场份额。在感光材料行业，1998年以来，柯达出资3.75亿美元，实行全行业并购，迅速获取了中国市场的较大份额，2003年10月柯达又斥巨资收购了乐凯20%的国有股，全面控制国内数码冲印市场。在移动通讯行业，摩托罗拉、诺基亚和爱立信三家企业1999年市场占有率达到80%以上。在软饮料行业，可口可乐基本控制了国内大中城市的饮料市场，国内生产能力超过5万吨的啤酒厂合资率已经达到70%。跨国公司凭借其技术优势、品牌优势和规模经济优势，构筑起较高的行业进入壁垒，便可能把价格提高到完全竞争水平以上，以获得巨额垄断利润。

如果外资并购造成垄断，外商不仅控制国内市场，制定垄断价格和瓜分市场策略，破坏市场竞争秩序，损害消费者利益;而且容易制约内资企业成长和技术进步，制约国内幼稚产业发展。