现实生活中，在建工程最终成为违法建筑或部分违法建筑的现象时常发生。在这种情况下，如果在建工程又是抵押物，它不仅仅涉及到在建工程的所有人的利益，而且直接影响到抵押权人的利益，有必要进行相应的规制，以维护抵押权人的利益。笔者认为，在发生在建工程成为违法建筑或部分违法建筑的情况下，对于抵押人的担保责任如何承担，应当根据在建工程的实际情况而区别对待。

1、在建工程系全部违法建筑。在这种情形下，如果抵押人与债务人恶意患通，共同欺骗抵押权人，致使债权人在不知情的情况下签订了抵押合同，在抵押合同被认定无效后，抵押人应在其提供担保的范围内与债务人承担连带责任。如果债务人并不知抵押人用于设定抵押的在建工程系全部违法建筑，则抵押人应根据其过错承担相应的赔偿责任。如果抵押权人未对用于抵押的在建工程尽到审查义务，则其对于抵押合同的无效亦有一定的过错，也应承担相应的责任，具体承担的比例可由人民法院根据当事人的过错程度自由裁量。

2、在建工程发生部分违法建筑。如果在建工程在建成后，扣除违法建筑部分，其既存价值仍然足以担保债务的履行的或与约定的预计价值相当，则其担保责任的承担与通常情况并无区别。如果其既存价值低于其与抵押权人约定的预计价值，且又不足以担保债务的履行的，抵押人应就不足部分予以补足。理由是：由于抵押人与抵押权人在签订抵押合同时，在建工程尚未建造或正在建造过程中，抵押人对在建工程具有控制权，更何况在这种情形下，抵押人易于利用这种在建工程的不确定状态骗取抵押权人的信任;而抵押权人此时又难以对在建工程作出准确的评估，且在建造过程中，抵押权人也难以实施有效的监督。为此，足以说明抵押人对在建工程发生部分违法建筑的后果负有过错，其也必须承担相应的责任。