从抽象意义而言，应当明确自诉制度的实质是什么，它是以贯彻国家的管理精神为主，还是以贯彻当事人之间的意思自治为主，如果是前者，则，无论当事人之间达成何种协议，只要没有国家司法机关的确认，它都应当是无效的。易言之，自诉人也就当然存在自诉权，如果国家采用放任的管理态度，则，只要当事人双方达成的协议不违背国家法律的规定，则应当确认协议的约束力，在协议达成之后，如果被害人一方明确在协议表示放弃自诉权的，则应当视为自诉人已经原则上放弃了自诉权，但是，如果有例外情况的，则应由其继续行使自诉权。由此可见，确定自诉制度的精神实质，是解决问题的关键。

无疑，就刑事诉讼法的宏观管理思想而言，是以国家管理职能的实施作为主要内容的，这一点，可以从刑事的诉讼第二条的规定(注：刑事诉讼法第二条规定：“我国刑事诉讼法的任务，是保证准确及时地查明犯罪事实，惩罚犯罪分子，保障无罪的人不受刑事追究，……。”从其罗列的顺序来看，无论是对犯罪的惩罚，还是对无罪人的保护，都体现了国家的职权主义思想。)可见;同时，这一规定也明确了我国的刑事诉讼模式是以国家职权主义为主，当事人主义为辅，因而，原则上，任何诉讼都应当以国家职权的参与处理作为刑事诉讼法贯彻实施的首要内容。同时，在微观的层面上，从刑事诉讼法第一百七十二条的规定可以看出，在自诉案件中，除了法律规定的特殊情况以外，允许当事人自行和解与撤回自诉，可见，对于自诉案件而言，国家采取了一种放任的态度，允许当事人之间就自己的权利进行处分。此时，需要考察的是，究竟应当以哪一个管理准则作为处理自诉案件的精神实质。

笔者认为，从刑事诉讼的范畴来进行考察，刑事诉讼法第二条的规定是刑事诉讼制度的一般管理思想，在一般意义上，从事刑事诉讼活动应当以这一刑事诉讼目的为指针。而自诉案件是刑事诉讼中的一个补充性内容，是刑事诉讼制度中的一种特殊情况，我国刑事诉讼法虽然未在立法上明确应对它采取的管理态度，但是，从刑事诉讼法第一百七十二条的规定可以看出，与其他普通刑事诉讼案件相比较，我国对自诉案件采用的一种国家放任主义的管理模式，易言之，对当事人之间的纯诉讼方面的事务，国家一般不主动参与，而是充分尊重双方当事人自己的决定。另外，从最高人民法院《关于执行〈中华人民共和国刑事诉讼法〉若干问题的解释》第188条：“对于自诉案件，人民法院审查有下列情形之一的，应当说服自诉人撤回起诉，或者裁定驳回起诉……(七)经人民法院调解结案后，自诉人反悔，就同一事实再行告诉的。(六)除因证据不足而撤诉的以外，自诉人撤诉后，就同一事实再行告诉的”。之规定可以看出，对于当事人之间的意思自治，国家是采取一种尊重的态度，而且，以“说服自诉人撤回起诉，或者裁定驳回起诉”的方式来表达对于当事人之间自行和解的认可，以及国家的不干预。由此可见，对于自诉案件，国家采取了异于公诉案件的管理思想。对此，应当本着特殊诉讼的管理思想优先于一般诉讼的管理思想适用的原则来进行考虑。因此，就自诉案件的管理思想而言，应当是以国家放任主义为先导，这一管理思想是考虑调解(或者和解)之后达成协议，自诉人是否有权提起刑事自诉的核心与基本准则。

从具体的法律适用而言，本着遵循自诉案件应当适用其专有法律规范的原则，对于达成协议之后的自诉案件能否再行提起自诉，应当从自诉案件的规定中寻求相应的法律规范予以适用，但是，从现行法律规范中有关自诉的规定来看，又找不到具体的法律规范予以适用。因而，达成调解与和解协议之后被害人能否再行起诉的法律适用，只能依据抽象的法律适用原则来考察，而不能直接适用相关的法律规范。