关于管理权与处罚权的关系，理论和实务界有二种意见。一种意见认为，行政管理权与处罚权是两种不同性质的权力，行使两类权力的机关应当分离。至于分离到什么程序，有两种方案，一是相对分离，在同一个机关内，行使管理权的机构与行使监督处罚权的机构分离开，使监督处罚机构专司处罚及执行，不进行一般管理活动。二是完全分离，行政管理机关与监督处罚机关完全分开。各机关原有的处罚权从管理部门分离出来，组成若干相对独立的综合监督处罚机构。如目前地方从城建、交通、卫生、公安、税务、工商部门分离出来的综合执法队、市容监察组织等就属这一类。

另一种意见认为，管理权和处罚权是不可分离的两项权力，处罚权是行政管理权的一部分。例如，许可证管理中，吊销许可证是处罚的一种形式，但是，很难将吊销权从许可证管理权中分离出来。

解决好管理权与处罚权的关系，有利于减少行政处罚管辖冲突，也可以保证一事不再罚原则的贯彻实施。例如，由多机构组成的统一市容管理组织负责维护市容的各项工作，不仅减少多机并争夺管辖权的现象，而且能够避免就某一违法行为进行两次以上的处罚。