对于房地产纠纷中的行民交叉案件，法律规定的诉讼分工并不十分明确，人民法院应当尊重原告的诉讼选择权，不能违背原告诉讼自主的意愿。对于此类案件，司法实践中主要有以下几种处理方式：

(一)民事判决以行政行为为根据。认为权属登记行为是相关民事行为的一部分，于是将纠纷作为民事案件审理，并以相关的行政行为的公定力为基础认定权属登记行政行为合法，作出民事判决。这种做法对权属登记行为不予审查而直接套用，并在民事判决中予以确认，使得适用正当程序即行政诉讼审理可能会出现司法不统一，或者出现难以进行合法性审查的局面。

(二)民事诉讼审查行政行为。认为行政行为是相关民事行为的一部分，将行政纠纷作为民事案件审理，并直接将相关的行政行为作为优势证据进行审查，甚至直接认定权属登记行政行为无效，作出民事判决。其局限性表现在两方面：1、将权属登记的行政行为作为证据进行审查，违反了正当程序原则，与将该具体行政行为纳入行政诉讼受案范围按照正当程序进行合法性审查存在冲突。2、不能将行政机关作为第三人纳入诉讼，对于房地产登记机关违法登记也是造成损害的，民事诉讼不能判决行政机关承担行政赔偿责任。

(三)先行政后民事。如果原告先提起民事诉讼，法院应当先中止民事诉讼，等行政判决生效后，再恢复民事诉讼。这种处理形式可以保证司法统一原则、正当程序原则、责权一致和司法权优先原则得到全面贯彻。行政诉讼是人民法院对被诉具体行政行为的合法性进行审查，具体行政行为证据是否确凿是合法性审查的重要内容，对具体行政行为证据是否确凿的审查必然包括对相关民事行为的审查。

(四)行政附带民事诉讼。在行政判决时一并对民事争议作出判决。这种方式在立法的层面上应当属于上策，它符合正当程序原则、司法统一原则和公正效率原则，也可以解决民事案件数量多、压力大、行政案件受案范围狭窄的问题，有利于有限司法资源在法院内部的有效配置。但目前，对于涉及权属登记的行政案件进行行政附带民事审理还没有法律依据。

(五)民事、行政互相独立审理。原告分别提起民事诉讼和行政诉讼，法院分别作出行政判决和民事判决，但容易出现相互矛盾的司法判决，这种矛盾有时甚至出现在同一法院，导致司法混乱和司法公信力下降。