1、法律意识淡薄。一是有相当部分企业对改造施工合同备案法定程序缺乏自觉性，承发包回避建设行政主管部门的监督管理;二是个别单位不采用国家统一的施工合同示范文本而自订条款;是部分发包方不执行国家的法律、法规，而各行其是(如盲目压低工程造价，要求缩短工期却不支付工期补偿费，要求创优而不给优质工程奖，延期付款而不支付贷款利息等)，甚至个别单位自定章程代替法规，有的背地私下另行签订合同来约束承包方;四是个别承包方不具备法人资格，超越权限对个签订合同;五是有的单位不使用合同专用章。上述问题产生的原因，是由于某些领导及合同承办人员的法律意识淡薄，对工程的施工合同的签订和改造应具有严格的法定程序的重要性和必要性认识不足。

2、对承发包主体资格的审查缺乏深度

承发包的“主体”资格，即发包方的“发包主体资格”和承包方的“承包主体资格”。这是施工合同签订时必须具备的资格和基本条件。据了解，当前有关部门在工程发包时比较重视对“承包方”主体资格的审查，而忽视对“发包方”主体资格的审查，特别是对工程款支付能力的审查不够严格。有些发包方将能否势将作为招标和选用承包方的先决条件，导致有关施工许可手续已经办完，工程款仍无着落，根本不具备履约能力。而一些急于找米下锅的承包方“忍辱负重”，在施工过程中不惜以垫资为代价，去满足发包方的要求，致使工程款旧帐未清，又欠新账，拖欠工程款的三角债现象相当普遍。还有的发包方强行将“不支付工程预付款”的字样写入合同附加条款之中，干扰了建筑市场的公平交易和平等竞争，致使建设工期和质量很难得到保证。这种情况应该引起各级领导和有关主管部门的高度重视和关注。加强对发包方主体资格的严格审查和管理已成为建筑市场刻不容缓的一大课题。

3、管理措施不配套。

施工合同管理工作是一项复杂的系统工程必须有相应的配套措施，而当前存在着两个突出问题一是规范建设工程施工合同管理工作的法律法规尚不健全，缺乏系统性;二是涉及施工合同改造的有关法规修改和调整工作滞后。近年来，发包方对优质工程的要求越来越高，工期越来越短，而目前的工期与质量奖罚的具体办法和标准却没有相应的调整和出台，远远不能适应当前建筑市场和施工合同管理机制的需要。

4、部分企业施工合同管理人员的业务素质较低，企业内部的合同管理比较薄弱。

在合同检查和备案过程中发现，有些施工合同管理人员的法律法规淡薄，合同条款填写不认真，语言表达不严谨，条款内容不完备，错漏较多。部分企业内部缺乏严格的规章制度，没有形成领导主管，职能部门分管，承办人员专管的内部管理网络机制。

5、缺乏依法查处和打击不正当竞争行为的权威性

据调查，当前建筑市场先开工后签合同的现象比较普遍，“三边”工程大量存在。合同签订后不主动报送备案的比例数仍比较大，少数施工企业有转包、违法分包和挂靠行为，有的项目没有立项批文，没有招标手续和许可证，外埠企业没办理进连证明。