建设工程施工合同纠纷由来已久，笔者认为深层次原因主要为：

(一)发包方资金准备严重不足。发包方一般都没有足够的资金准备或仅有少量资金，却要揽下数额庞大的工程，真所谓“人心不足蛇吞象”。钱从何来?一靠银行融资，二靠收取客户预付款，三靠承包方垫资，四靠非法集资。除第四条已明显涉嫌犯罪外，其他三条途径也有极大风险。如金融危机造成银行银根抽紧;客户预付款由于政策调整难以收取;承包方无力垫资，都会导致矛盾立即凸现。上述所指的是一般商业性质的房地产开发工程。另外一类是公共建设工程，发包方是政府机构，表面看来发包方并无资金短缺问题，但某些政府部门诚信缺失，未能按合同拨付资金，最后出现“烂尾楼“式的结局。倒是一些军工类工程，发包方往往拨款及时到位，问题并不多，但腐败问题却倒是不少，主要是回扣方面“胃口”较大。当前，中央正在化大力气查处军队腐败问题，相信应能关注到军工建设工程方面的问题。

(二)《建筑法》和《招标投标法》实际执行不力，实际承包方素质低下

众所周知，《建筑法》和《招标投标法》这两部建筑业的当家法律实际执行得很不理想。比如，由于法律规定参与招、投标的单位必须拥有相应的资质，故私下已“掌握”工程项目的人员，主动找到有资质的建筑单位，通过该建筑单位出面，并拉一些“陪绑”单位，通过参与公开招投、标的方式，堂而皇之地取得其实早就“掌握”的工程。此时，该私下“掌握”工程项目的人员就成为了该工程的实际承包方。

然而，这样的实际承包方由于自身专业素质的严重欠缺，再加上设备条件不符要求以及其所属人员的素质不高等因素，必然导致工程建设过程中出现许许多多的这样那样的问题：如工程质量问题、工程进度问题、违约问题、施工人员报酬支付等等问题。

鉴于上述主要两方面的原因，一项纠纷不断的工程最后的结局往往是这样的：工程停工，发包方破产，实际承包方失踪，材料供应商和施工人员上门催讨(或通过诉讼、仲裁)，向名义承包方索要材料款，实际施工人向名义承包方索取报酬。名义承包方账户被查封，最后被强制执行。