(一)立法上的缺陷

首先，法律对减刑、假释的实质条件规定不够明确，容易引起争议，且在司法实践中不便把握。比如，“确有悔改表现”这是对罪犯改造表现的评估，是一种概括性的表述，目前监狱普遍采取记分考核方式来反映罪犯的表现，但思想改造难以量化，这在一定程度上影响了罪犯的综合评价，对 “确有悔改表现”的评判就带有很大的随意性和主观性。同时，“不致再危害社会”是对罪犯的预测，在司法实践中则更是难以把握。其次，法律对检察机关开展减刑、假释监督程序未做到统一明确规定。对监狱提请程序及法院审理程序不能做到同步监督。对如何保障减刑、假释监督效力，也没有具体规定，导致检察监督活动的过程无法可依，检察监督缺乏刚性，力度不强，检察权威不能充分体现。

(二)重打击犯罪，轻保护人权

在我国的刑事法律执行体系中，对罪犯在服刑期间符合法定条件的予以减刑、假释一直是作为我国的一项刑事奖励措施，对于调动罪犯改造积极性，激发罪犯自觉改造的内驱力有着十分重要的作用。我们长期把减刑、假释仅仅作为对罪犯的奖励，体现的是党和政府对罪犯的宽大，而不能认识到这项制度产生后，减刑、假释已经成为了罪犯的一项权利。在司法实践中对于罪犯在减刑、假释程序中的知悉权、参与公开审判权、上诉权等权利都无法保障。

(三)制度设置的缺陷

减刑、假释是刑罚的变更执行，是对罪犯的“第二次审判”。减刑、假释的提请权是司法权，是启动审判程序的直接根据，应由检察机关行使。目前，法院根据执行机关的建议作出裁定减刑、假释，实际上是由执行机关启动了审判权，与我国刑事诉讼对检察机关和刑罚执行机关的职能定位相冲突。由执行机关提请减刑、假释也不符合我国法律关于侦查、起诉、审判、执行环节要求的“分工负责、相互配合、相互制约”的权力制衡原则。